計算機軟件著作權的認定方式主要包括以下幾種：
1. 登記制度：依據(jù)《計算機軟件著作權登記辦法》，軟件著作權自軟件開發(fā)完成之日起自動產(chǎn)生，登記并非取得著作權的必要條件。但為取得法律充分保護，軟件著作權人可以向國家知識產(chǎn)權局進行登記，獲得《計算機軟件著作權登記證書》。在司法實踐中，軟件著作權登記證書是證明軟件著作權歸屬的有力證據(jù)之一。
2. 源碼比對：在計算機軟件著作權侵權糾紛中，源代碼的比對至關重要。如果被訴侵權軟件與權利軟件的源代碼相同或實質相似，通常會被認定為侵權。此外，著作權人提供的合法出版物、權利人的身份證明、認證機構出具的證明等也可以作為認定軟件著作權的依據(jù)。
3. 其他證據(jù)：除上述登記證書和源碼比對外，當事人提供的開發(fā)完成的文件、開發(fā)使用的人員及其分工等證據(jù)也可以用于證明軟件著作權的歸屬。在舉證時，當事人應提供合法有效的證據(jù)來證明其主張。法院會根據(jù)當事人提供的證據(jù)進行綜合判斷，以確定軟件著作權的歸屬。
以上認定方式僅供參考，具體的著作權歸屬問題可能涉及復雜的法律與事實問題，需要依靠專業(yè)法律人士結合具體案情予以分析。如果需要進一步了解有關計算機軟件著作權的詳細信息，建議咨詢法律專業(yè)人士或專業(yè)機構。
